借鉴第一批、第二批高校自贸试验区研究院的经验，我校研究院下设理事会、战略发展委员会、专家咨询委员会和八个研究中心，如图所示。
理事会是研究院的最高决策机构，由省商务厅、省发改委、省经信委、省财政厅、省自贸办、西南财经大学、重点企业主管领导组成，负责研究院重大事项的审议和决策。
战略发展委员会是研究院的发展规划和重点工作的决策机构，由省自贸办、三个片区管理部门、企事业单位、国内第一、二批自贸试验区政府职能部门的领导、专家组成。
专家咨询委员会是学术决策与政策咨询机构，由具有国际视野、熟悉国内外自贸试验区理论与实践发展状况的国内外知名专家以及具备相关咨询服务经验的专业人员组成。
研究院下设8个研究中心，包括自贸试验区全面深化改革研究中心、自贸试验区服务贸易研究中心、自贸试验区贸易便利化研究中心、自贸试验区国际直接投资和企业发展研究中心、自贸试验区金融改革创新研究中心、自贸试验区物流研究中心、自贸试验区法制保障研究中心、自贸试验区数据库及政策制度绩效评估研究中心等专门研究机构，为四川自贸试验区建设和发展提供政策建议、成效评估、人才培训、企业调研、专项报告等。
