福建自由贸易试验区建设过程中，一方面要认真借鉴上海等自由贸易试验区的成功经验，另一方面，要积极挖掘福建在海峡两岸经贸合作方面的潜在优势，认真整理、实行有福建特色的创新，促进福建自由贸易试验区成为"制度创新高地"。
自由贸易试验区建设是构建"制度高地"的过程。"制度高地"建设的直接目标就是构建"技术进步、市场拓展与产业提升"三者之间良性互动、相互促进的制度环境。福建自由贸易试验区三大片区均坚持把制度创新作为自贸试验区建设的核心任务，明确内涵要求，抓住重点难点，突出政府管理的高效化规范化，突出投资贸易的自由化便利化，逐步探索形成一批制度创新成果，进一歩完善有利于自由贸易的制度体系。特别是福建在通关电子信息化与便利化、政府公共服务平台建设与推进政府管理模式创新、培育新型商业形态、开展两岸融合综合试点、探索自由港运行模式等制度创新方面取得了明显成效。
据实地调研，福建自由贸易试验区制度建设中还存在如下三个突出问题：其一是片区功能划分、产业定位存在趋同性和重叠性。如厦门片区两岸区域性金融服务中心与福州片区两岸金融创新合作示范区在产业定位上存在明显重叠。厦门片区东南国际航运中心与福州片区21世纪海上丝绸之路沿线国家和地区交流合作的重要平台在功能上存在重叠。平潭片区重点建设两岸共同家园和国际旅游岛，其功能定位似乎与福州、厦门片区存在明显不同，但实际上也存在产业定位重叠问题。其二是片区之间制度创新的差异化不明显，自贸区制度创新的系统性与互补性尚未形成，由此导致三大片区制度创新过程中出现一些矛盾，制约了制度创新整体效率的提升。其三是自贸区业态创新与法规调整、贸易便利与企业发展和金融创新、自贸区与高新技术开发区等方面，还存在诸多如何通过制度创新以相互统一、相互促进问题。
为此，福建自由贸易试验区建设过程中，一方面要认真借鉴上海等自由贸易试验区的成功经验。另一方面，要积极挖掘福建在海峡两岸经贸合作方面的潜在优势，认真整理、实行有福建特色的创新，促进福建自由贸易试验区成为"制度创新高地"。
明确三大片区功能与产业定位，以制度创新促进福建自由贸易试验区三大片区协同持续发展。要借鉴天津自由贸易试验区的产业差异化定位，牵头对自贸区的三个片区产业定位作进一步细分，并鼓励三个片区实施产业定位差异化策略，重新对三个片区进行更加合理的产业差异化定位。鼓励自贸区三个片区实施产业定位差异化策略。福建自贸区三大片区门应从制度法规上进一步明晰功能划分和产业定位，特别是要突出特色、凸显优势，鼓励实施定位差异化功能定位策略与产业差异化定位。在差异化定位基础上，以制度创新促进福建三大自由贸易片区资源互补，"打包"发展。特别要在推动两岸经贸合作交流上进行制度协同创新，各片区应协同努力，在行政管理体制、投资管理体制、通关机制等方面通过制度创新，共同构建优良制度环境。加快实现与台湾产业对接，提升福建产业技术水平，促进产业结构优化，并形成两岸联手共同拓展国际市场的局面。
加大有利于自贸区企业发展的金融制度创新力度。其一，应通过股权融资平台构建，多币种产业投资发展基金的设立，实现自贸区产业链与金融支持制度创新之间的协同发展。自贸区要围绕产业链部署创新链、围绕创新链完善资金链，从而实现自由贸易、新兴战略产业培育与先进制造业基地建设相协同的发展目标。其二，以自由贸易试验区建设为契机，配合高新技术园区、跨境电子商务区建设需要，引进互联网金融机构和各类股权投资基金，设立中小企业"众筹平台"实验区，为中小企业和社会公众提供融投资网络服务平台。其三，在自贸区发展云技术服务市场，努力为众筹网络融资提供强大的技术平台。用技术特色推动众筹行业分级、稳步发展，并在项目发起人信息披露体系、项目诚信度评估监测体系以及资金使用保障体系等方面构建先进的资本市场系统。其四，要结合国家人民币国际化战略，推动人民币跨境使用，包括跨境人民币支付、跨境人民币结算、人民币跨境融资业务创新；推动人民币资本项目可兑换，包括福建自由贸易试验区账户、跨境人民币投融资、跨境人民币、外币双向资金池；率先在自贸区实现利率市场化，包括小额外币存款的利率市场化、大额可转让存单。
进一步优化自贸区企业经营制度环境。在目前企业消防、环保和安全采取"三同时"方式基础上，建议考虑实行备案制，加强事中、事后监管。取消自贸区土地征用所涉耕地占补平衡等相关指标，以降低土地开发成本。要进一步简化甚至取消包括食品流通许可证、外贸经营者备案等相关证件的审批，加大事中监管来强化企业的管理，只有如此，才符合自贸区先行先试的特点。
协调口岸单位优化监管模式。落实关检合作制度，就市场监管模式、具体操作办法等达成一致，实现在市场查验平台上共同查验、检验；同意马尾建设进口肉类指定口岸；尽快制定六大类进口商品负面清单；对转关进口进入免税交易市场的货物采取市场内验放的方式进行监管。对从马尾口岸进口、在免税交易市场销售的台湾地区生产的食品化妆品，试行风险评估基础上的进口食品化妆品分级分类监管模式，提高通关速度，控制物流时间，以降低经营成本。
争取协调出口选择性退税政策。因当前原材料出口退税率明显低于产品退税率，出口加工区内采用国产原材料加工制成品出口的企业，相对于出口加工区外的同类型企业来说，还增加了生产成本，这不利于出口加工区引进终端加工企业，无法促进加工区内外生产加工、物流和服务的深度融合。为此，建议赋予出口加工区内企业更为灵活的报关及退税政策，区内企业采购区外原材料加工制成品出口，可视实际情况，选择"入区退税"或"离境退税"，以避免区内、外退税政策优势倒挂现象，也有利于形成高终端入区、周边配套、辐射带动、集聚发展。
海关部门应支持推进"单证一日游"代替"货物一日游"制度。加工区保税物流功能为加工区外的加工贸易企业提供了很好的政策平台，加工贸易企业可以将境内区外货物运抵出口加工区（视同出口），再出区配送至境内区外，可不必将货物实际离境即获得出口退税，即俗称"货物一日游"，从根本上解决"国货复进口"问题。为进一步节约运输成本，建议推行"单证一日游"代替"货物一日游"，即加工区外的自贸区企业只要将需要进入加工区的货物（出口货物）报关单证报送加工区海关审核后，货物无需运抵加工区即获得出口退税。
最后，需要强调，必须努力将福建自由贸易试验区建设与"中国制造2025计划"以及"一带一路"核心区建设等重大战略有机结合起来，通过构建与国际贸易通行规则相适应的制度，创造公平、高效、充满活力的营商环境，更好地服务实体经济和社会发展，为推进更高水平的对外开放作出应有贡献。为此，既要鼓励福建自由贸易试验区内三个片区之间制度创新的差异化，提升自由贸易试验区的活力与竞争力，也要强调制度创新的系统性与互补性，防止制度创新过程中的矛盾与冲突，这就要省里有关方面定期对三个片区的制度运行绩效及时地进行评估、梳理，以提高制度创新的整体绩效。
